Während der Firmware-Entwicklung ist es praktisch, den AVR mit Hilfe des Programmieradapters zurückzusetzen. AVRDUDE bietet dafür keine Option, aber es gibt den Workaround die Fuses auszulesen, da bei jedem ISP-Zugriff der AVR resettet wird:

avrdude -c PROGRAMMER -p AVR -P usb -U lfuse:r:/dev/null:b

Im Makefile lässt sich dafür ein Target definieren:

#move this to the other messages
MSG_RESET = Resetting the AVR
 
# Reset the device
reset: 
	@echo $(MSG_RESET)
	@$(AVRDUDE) $(AVRDUDE_FLAGS) -U lfuse:r:/dev/null:b 2> /dev/null

Dieses Target sollte den Phony-Targets hinzugefügt werden.

Um den AVRISP mkII unter Ubuntu zu benutzen, muss eine neue udev-Regel angelegt werden. Dazu wird unter /etc/udev/rules.d eine neue Datei (z.B. 00-avr.rules) mit folgendem Inhalt angelegt:

#AVRISP mkII
SUBSYSTEM=="usb",ATTR{idVendor}=="03eb",ATTR{idProduct}=="2104", GROUP="plugdev", MODE="0666"

Danach muss udev neugestartet werden:

sudo service udev restart

Die ältere Schreibweise SYSFS{idProduct} funktioniert unter Ubuntu 12.04 nicht mehr.